I sitt avskedsbrev till vicepresident Mike Pence erkänner Michael Flynn att han tidigare gett ofullständiga uppgifter om sina samtal med den ryska ambassadören.
Flynn har haft privata diskussioner med Rysslands amassadör om sanktioner, vilket inte är tillåtet enligt USA:s lag. Enskilda medborgare får inte blanda sig i landets utrikespolitiska relationer.
Diskussionerna om att häva sanktionerna betraktas som ett brott mot protokollet. Det kan till och med klassas som ett lagbrott.
USA:s tidigare president Barack Obama beordrade sanktioner mot Ryssland i december, då han anklagade Ryssland för att ha blandat sig i presidentvalet i USA.
Flynns agerande kritiserades kraftigt och bland annat flera demokrater krävde att han skulle avgå. Joseph Keith Kellogg har utsetts till tillfällig säkerhetsrådgivare tills en permanent ersättare hittats.
FNB