I kaffe finns organiska syror som påverkar magen och pH-balansen. Dessa syror bryts ned när man rostar kaffe, och därför är mörkrostat kaffe ofta skonsammare för magen.
När man rostar kaffe bildas också substansen N-methylpyridium (NMP), som motverkar irritation i magen. NMP utvecklas bara när man rostar kaffe och det innebär att mörkrostat kaffe kan innehålla mera av den här magvänliga ingrediensen jämfört med ljusrostat.
Mörkrostat kaffe innehåller dessutom ungefär lika mycket koffein som ljusrostat kaffe. Däremot innehåller mörkrostat kaffe inte lika mycket antioxidanter som ljusrostat kaffe.